Người Yahgan, một dân tộc bản địa nam Chile, được cho là di cư đến vùng này hơn 10.000 năm trước; họ có lối sống săn bắt-hái lượm truyền thống. Người châu Âu bắt gặp họ và đặt chân đến vùng này lần đầu vào thế kỷ XVI. Phải tới thế kỷ XIX, người châu Âu mới bắt đầu quan tâm phát triển vùng này.

Đến cuối thế kỷ XIX, người ta tìm thấy vàng, thu hút dân cư đến thử vận may. Vào năm 1890, có chừng 300 thợ tìm vàng ở quần đảo Picton, Lennox và Nueva, để rồi Puerto Toro được lập nên năm 1892.[9] Puerto Navarino, bên mé trái đảo Navarino, ra đời vào tháng 6 năm 1938. Thêm vào đó, trên một số hòn đảo nở rộ nghề nuôi cừu lấy lông và thịt xuất khẩu.

Puerto Williams được lập nên 1953, phát triển nhằm làm một căn cứ hải quân cho Chile. Bệnh viện hải quân rộng 463 m2 (nay rộng 638 m2) mở cửa năm 1960.[10] Năm 2002, việc cấp điện chuyển từ tay hải quân Chile sang tay một nhà cung cấp tư nhân.[11]

Theo Hiệp ước Hòa bình và Hữu nghị Chile-Argentina năm 1984, Puerto Williams là điểm khởi đầu cho tất cả tàu thuyền mọi quốc gia đi qua vùng biển từ eo biển Magellan đến các hải cảng của Argentina nằm bên eo biển Beagle.